Το AgriDiverCluster λειτουργεί υπό την μορφή Αστικής Μη Κερδοσκοπικής Εταιρείας με την επωνυμία «Συνεργατικός Σχηματισμός Διατήρησης και Αξιοποίησης Ελληνικής Βιοποικιλότητας», η οποία θα εξασφαλίζει τη βιωσιμότητα του εγχειρήματος και το προσδοκώμενο όφελος για τα μέλη του.

Ο τρόπος λειτουργίας και χρηματοδότησής του συν-αποφασίστηκε έπειτα από την οριοθέτηση των προτεραιοτήτων των εμπλεκόμενων φορέων, την καταγραφή των αναγκών τους και των αναμενόμενων προσδοκιών τους από το cluster και την παρουσίαση ενός κοινού επιχειρηματικού σχεδίου, το οποίο προέκυψε μέσα από συν-δημιουργικές διαδικασίες και την καθοδήγηση του Φορέα Αρωγού.